国土数値情報にはさまざまなデータがありますが、今回は行政区域データと鉄道データをQGISに読み込む手順について説明します。（QGIS 2.14.9を使用）
(0) 留意事項
国土数値情報の最新データは、空間参照系がJGD2011（日本測地系2011）になっています（参考：日本測地系2011（JGD2011）とは？）。
最新データの仕様書の一部。「座標系」の欄に注目。なお、(B, L) とは「緯度（Breite）・経度（Lange）」を意味している。
QGISでのJGD2011データの取り扱いについて、現時点では自信をもって解説できないため、今回は最新ではないデータ（空間参照系はJGD2000）を利用することにします。下記の説明では、ダウンロードするデータの年次に注意を払ってください。
(1) データのダウンロード
ここでは例として、「行政区域」の大阪府および兵庫県（平成27年）、ならびに、「鉄道時系列」の全国データ（平成26年）をダウンロードします。以下、「鉄道時系列」のみ手順を簡潔に説明します。
＜鉄道時系列＞をクリックしてデータ詳細ページに入り、ページの一番下にある「ダウンロードするデータの選択」の＜全国＞にチェックを入れて＜次へ＞をクリック。
＜平成26年＞のデータ（N05-14_GML.zip）にチェックを入れて＜次へ＞。
アンケートに回答。
「国土数値情報利用約款」に目を通した上で＜はい＞をクリック。
＜ダウンロード＞をクリック。圧縮ファイル（zip形式）のダウンロードが完了したら、それを解凍する。
同様の手順で、行政区域のデータもダウンロードし、解凍も済ませておいてください。
(2) シェープファイルの確認
解凍後にできたフォルダ内には、シェープファイルが含まれています。シェープファイルとは、ベクタ形式の業界標準フォーマットであり、ファイルの拡張子が「.shp」「.shx」「.dbf」の3つのファイルで構成されています（拡張子が「.prj」のファイルが加わることもある；参考：シェープファイルとは？）。
たとえば、「鉄道時系列」の全国データのフォルダ（N05-14_GML）内には、2種類のシェープファイル（路線のラインデータと駅のポイントデータ）が含まれています。
ややこしいですが、3つのファイルで1つのシェープファイルを構成します。
シェープファイルは最低3つのファイルのセットによって構成されているものなので、コピーや削除などのデータ管理の際にはその点に注意しなければなりません。
(3) シェープファイルの読み込み
ここでは、大阪府の行政区域データの読み込みを例に説明します。
QGISを起動。＜ベクタレイヤの追加＞のアイコン（下図参照）をクリック。
＜ベクタレイヤの追加＞アイコンはよく使うので覚えておいてください。
＜ブラウズ＞をクリックし、シェープファイルが保存されているフォルダへ移動。そして、拡張子が「.shp」のファイルを選択して＜開く＞をクリック。（もし「.shp」のファイルが見当たらないときは、＜開く＞の上にあるプルダウンメニューを開き、＜ESRI Shapefiles (*.shp *.SHP)＞を選べば出てくるはず。）
選択したいデータの形式に応じて、右下のファイル形式を切り替えたりします。
＜ベクタレイヤの追加＞ウィンドウに戻ったら、＜開く＞をクリック。すると、大阪府の行政区域データ（市区町村別地図）が読み込まれた。
色は読み込むごとに変わります。
同様に、兵庫県の行政区域データ、ならびに、鉄道データ（路線ラインデータ・駅ポイントデータ）も読み込む。なお、鉄道のデータを読み込む際、空間参照系を選択するウィンドウ（下図）が出てくるが、今回はJGD2000のデータを利用しているので、＜JGD2000＞（EPSG：4612）を選択して＜OK＞。
読み込もうとしているデータの空間参照系を把握し、正しく選択することが重要。
大阪府・兵庫県の市区町村別地図と、路線のラインデータ、駅のポイントデータが表示されれば、今回の目標は無事達成。
とりあえず。これをベースにいろいろと修正・加工していきます。
(4) プロジェクトファイルを保存
＜プロジェクト＞→＜名前をつけて保存＞を選択。ファイルの保存場所を指定し、ファイル名を入力して＜保存＞。これでプロジェクトファイル（QGISファイル）が保存された。
プロジェクトファイルを開けば、保存時点から作業を再開することができます。なお、プロジェクトで使用しているデータは、フォルダ間の相対的な階層関係によって参照されているため、シェープファイルなどの保存場所を移したりするとデータを参照できなくなってしまいます。データを管理する際は、プロジェクトファイルとの階層関係に注意してください。