今回は、既製データの読み込みではなく、自分自身で地道に作業して新たにシェープファイルを作成する方法について解説します。（QGIS 2.14.9を使用）
題材として、[NA-GIS100]でジオリファレンスを行った旧版地形図のラスタデータを利用し、この地形図において見られるため池や寺院などのシェープファイルを作成してみます。
･･･余談ですが、たとえばこの論文で似たようなことをやっています（作業の大半は、アルバイトの学生がやってくれましたが）。
(1) ポイントデータの作成
ここでは例として、神社・寺院をまとめて1つのシェープファイルとして作成してみましょう。属性データとして、「神社」か「寺院」のいずれかの値をとるカテゴリデータをもたせ、神社と寺院を区別できるようにします。
QGISのメニューの＜レイヤ＞から、＜レイヤの作成＞→＜新規シェープファイルレイヤ＞を選択。
＜タイプ＞は、＜点＞を選択。
空間参照系（＜ファイルエンコーディング＞の下）は、今回＜JGD2000＞（EPSG：4612）を選択。
＜新規フィールド＞のところでは、属性データのフィールド（列）の設定を行います。今回は、上で述べたように神社・寺院を区別するカテゴリデータのみを属性データにもたせます。もし神社・寺院の名称がわかっていれば、名称データのフィールドもつくるとよいと思います。
＜名称＞の欄には、＜TYPE＞と入力。
＜タイプ＞では、＜テキストデータ＞を選択（値が「神社」・「寺院」という文字列なので）。
＜長さ＞は、今回の値が「神社」・「寺院」と短いので、＜20＞ぐらいにしておく。
＜フィールドリストに追加する＞をクリックすると、下のフィールドリスト内に＜TYPE＞フィールドが追加された。
後で属性データを追加することもできるので、ここでの新規フィールド追加にはあまりこだわらなくてもよいと思います。
＜OK＞をクリックすると、シェープファイルの保存フォルダとファイル名を指定・入力する画面になる。適宜保存フォルダとファイル名を指定して（ここではファイル名を「shrine-temple」とする）、＜保存＞をクリック。
レイヤパネルに、作成したシェープファイルがレイヤとして追加された。
(2) ポイントデータの編集作業
レイヤパネル内の神社・寺院ポイントレイヤ（shrine-temple）を選択した上で、上部にある＜編集モード切替＞アイコン（鉛筆のアイコン）をクリック。
＜編集モード切替＞はいろんな場面でよく使います。
＜編集モード切替＞アイコンの近くにある＜地物の追加＞アイコンをクリック。
ここではポイントを追加するようなアイコンになっています。
カーソルがスナイパーのスコープみたいになったら、ポイントの作成地点（今回は神社・寺院の地図記号があるところ）でクリック。
すると、属性データを入力する小さな画面が出てくる。＜id＞は、とりあえず入力順に連番をつけていくことにする。＜TYPE＞には、＜神社＞か＜寺院＞のいずれかを入力。
＜id＞フィールドを、後のデータ結合の際のキーとして想定する必要は、必ずしもないと思います。
以下、同様の作業を繰り返す。そして、編集を終了するときは、＜レイヤ編集内容の保存＞アイコン（フロッピーのアイコン）をクリックし、確実に編集内容を保存した上で、＜編集モード切替＞アイコンをクリックして編集を終了する。
＜編集モード切替＞と＜レイヤ編集内容の保存＞は、セットでよく使う重要な機能です。
下の図は、神社・寺院ポイントの表示例です。
地形図全体をカバーするのはさすがにしんどいです･･･。
また、今回作成した神社・寺院ポイントの属性データを見てみると、編集中に入力した内容が反映されていることを確認できます。
味も素っ気もない属性テーブルですが･･･。
(3) ポリゴンデータの作成
次の例として、ため池のポリゴンデータを作成してみます。
QGISのメニューの＜レイヤ＞から、＜レイヤの作成＞→＜新規シェープファイルレイヤ＞を選択。
＜タイプ＞は、＜ポリゴン＞を選択。
空間参照系（＜ファイルエンコーディング＞の下）は、今回＜JGD2000＞（EPSG：4612）を選択。
今回は特に新規フィールドは追加しないので、そのまま＜OK＞をクリック。シェープファイルの保存フォルダとファイル名を指定・入力する画面になるので、適宜保存フォルダとファイル名を指定して（ここではファイル名を「tameike」とする）、＜保存＞をクリック。
レイヤパネルに、作成したシェープファイルがレイヤとして追加された。
(4) ポリゴンデータの編集作業
ポリゴンデータは、ポイントデータと違って地物をトレースする必要があり、慎重かつ正確な作業が求められます。トレースする地物を十分に拡大した上で、編集作業を開始します。
レイヤパネル内のため池ポリゴンレイヤ（tameike）を選択した上で、上部にある＜編集モード切替＞アイコン（鉛筆のアイコン）をクリック。
＜編集モード切替＞アイコンの近くにある＜地物の追加＞アイコンをクリック。
ここではポリゴンを追加するようなアイコンになっています。
スナイパーのスコープみたいなカーソルで、ため池をトレース。なめらかな線にしたい場合は、頂点をできるだけ多く取るとよい。
トレースが一周し、始点まで戻ったところで右クリック。すると、属性データを入力する画面が出てくる（といっても、今回は＜id＞だけ）。
以下、同様の作業を繰り返す。そして、編集を終了するときは、＜レイヤ編集内容の保存＞アイコン（フロッピーのアイコン）をクリックし、確実に編集内容を保存した上で、＜編集モード切替＞アイコンをクリックして編集を終了する。
このようにして、地道にため池をトレースしていけば、ため池のポリゴンデータを整備していくことができます。
トレースは慣れれば早くできますが、地形図全体をカバーするのは骨が折れます･･･。
今回の作業はここまで。プロジェクトの上書き保存を忘れずに。